După mai mult de doi ani în care numele lui Sergiu Sechelariu a fost menţionat în diverse scandaluri de presă legate de domeniul pe care îl coordona în calitate de secretar de stat în Ministerul Transporturilor, Guvernul Năstase s-a decis să renunţe la serviciile sale. Fără prea multă şovăială, premierul a acceptat demisia acestuia, punînd astfel capăt perioadei de glorie a familiei Sechelariu după ce Dumitru Sechelariu a eşuat în încercarea de a cîştiga un nou mandat ca primar al Bacăului.
Secretarul de stat Sergiu Sechelariu şi-a prezentat vineri seara demisia din funcţie şi a solicitat primului-ministru să dispună efectuarea unui control asupra modului în care şi-a îndeplinit sarcinile şi responsabilităţile de serviciu. În cadrul unei întîlniri pe care a avut-o cu primul-ministru, Sergiu Sechelariu şi-a exprimat regretul pentru declaraţiile "neinspirate" pe care le-a făcut la Bacău, precizînd că acestea au fost efectuate "sub impulsul unei stări de moment şi al dorinţei de a-şi sprijini fratele în campania electorală". "Consider că, în toţi aceşti ani în care am fost secretar de stat, am realizat lucruri importante, numeroase proiecte în folosul cetăţenilor - infrastructură, construcţii de locuinţe şi săli de sport", a declarat Sergiu Sechelariu. El a precizat că gestul său de a-şi depune demisia reprezintă "un gest de onoare, loialitate şi responsabilitate" faţă de echipa guvernamentală din care a făcut parte, al cărei mandat se finalizează cu numeroase proiecte devenite realitate.
La înlăturarea lui Sergiu Sechelariu, motivul invocat de reprezentanţii PSD a fost gravitatea declaraţiilor făcute de acesta la Bacău, în timpul campaniei electorale a fratelui său, Dumitru Sechelariu. Totuşi, secretarul de stat nu a făcut decît să se înscrie în linia mesajului transmis alegătorilor de către premierul Năstase, la anunţarea rezultatelor alegerilor locale din turul I, respectiv a promis "marea cu sarea". Aflat la Bacău, alături de fratele său, pe durata campaniei electorale pentru turul doi al alegerilor locale, Sergiu Sechelariu a recunoscut că prin poziţia sa în Guvern a luat fonduri din alte judeţe şi le-a adus la Bacău, pentru a răsplăti voturile primite de Dumitru Sechelariu în urmă cu patru ani.
De asemenea, el i-a avertizat fără echivoc pe băcăuani că vor pierde fonduri de la Guvern dacă vor avea alt primar decît fratele său. Într-o declaraţie făcută pe un post de radio bucureştean, Sergiu Sechelariu a precizat că nu a făcut altceva decît să ajute Bacăul pentru votul de încredere pe care i l-a acordat ca senator. "Pentru cei care mi-au acordat votul de încredere ca senator, am încercat să sprijin autorităţile locale şi cetăţenii - asta nu înseamnă deturnare de fonduri. N-am avut şi nici nu am posibilitatea repartizării de fonduri în mod discreţionar în afara cadrului legal", a adăugat ministrul.
În cadrul MTCT, Sergiu Sechelariu a coordonat domeniile de mare importanţă pentru actualul Guvern: construcţia de locuinţe (ANL), săli de sport (CNI) şi drumuri (CNADNR). Secretarul de stat a fost suspectat că ar fi favorizat firmele din zona Bacăului în contractarea de lucrări în sectorul drumurilor şi a privilegiat judeţul Bacău prin alocarea preferenţială de fonduri destinate proiectelor din domeniul construcţiilor.