Procurorul General al Parchetului de pe lângă Înalta Curte de Casaţie şi Justiţie a solicitat, în două cauze, preşedintelui României, Traian Băsescu, învestirea Comisiei Speciale pentru analiza sesizărilor cu privire la săvârşirea unei infracţiuni în exerciţiul funcţiunii de către Ioan Codruţ Şereş, fost ministru al Economiei şi Comerţului. În primul dosar al Direcţiei de Investigare a Infracţiunilor de Criminalitate Organizată şi Terorism, procurorii efectuează cercetări asupra lui Zsolt Nagy şi Ioan Codruţ Şereş sub aspectul săvârşirii infracţiunilor de trădare prin transmitere de secrete şi constituirea unui grup infracţional organizat care acţionează în mod coordonat în scopul divulgării secretului economic.
Potrivit unui comunicat de presă remis redacţiei, în decembrie 2006, procurorul general al Parchetului de pe lângă Înalta Curte de Casaţie şi Justiţie a adresat o cerere similară, dar comisia special instituită s-a desesizat întrucât Ioan Codruţ Şereş nu mai avea calitatea de ministru. Prin Decizia din iulie 2007 a Curţii Constituţionale, s-a admis excepţia de neconstituţionalitate privind responsabilitatea ministerială, motiv pentru care procedura specială de cercetare a miniştrilor care au comis infracţiuni în exerciţiul funcţiei lor se aplică şi foştilor membri ai Guvernului.
În cel de-al doilea dosar al Direcţiei de Investigare a Infracţiunilor de Criminalitate Organizată şi Terorism se efectuează cercetări privind săvârşirea infracţiunilor de subminare a economiei naţionale şi sprijinire a unei asociaţii infracţionale, de către fostul ministru Şereş. În această cauză a fost dispusă începerea urmăririi penale faţă de mai multe persoane cu rol decizional în cadrul SC "Hidroelectrica" SA.