Nu toate dosarele întocmite de Curtea de Conturi au ajuns la Parchetul Naţional Anticorupţie, multe dintre ele fiind repartizate de Parchet altor instituţii. Dan Drosu Şaguna, preşedintele Curţii de Conturi, ne-a declarat că, în perioada 1993-2004, au fost trimise la Parchet 1539 de dosare. Domnia sa răspunde astfel acuzaţiei făcute public de ministrul Justiţiei, Monica Macovei, potrivit căreia Curtea de Conturi este ineficientă.
Preşedintele Curţii de Conturi susţine că doar unele dintre dosarele elaborate de instituţia pe care o conduce au ajuns la PNA, fapt ce nu a mai depins de Curtea de Conturi. În plus, rezultatul activităţii Curţii de Conturi va fi arătat peste o săptămînă cînd aceasta va face public un audit al Înaltei Curţi de Casaţie şi Justiţie pentru perioada 2000-2004.
Dan Drosu Şaguna susţine că instituţia îşi va spori activitatea de audit, astfel încît să o egaleze pe cea de control. În prezent, Curtea de Conturi funcţionează după modelul ţărilor latine, respectiv este axată pe control în proporţie de 75%. După un sistem de acest tip funcţionează şi instituţiile similare din Franţa, Spania, Portugalia, Italia şi Grecia. Pe lîngă acesta mai există cel anglo-saxon, centrat în special pe activitatea de audit. Curtea de Conturi Europeană funcţionează după un sistem care poate fi situat la mijlocul celor două: 50% control şi 50% audit. În opinia domnului Şaguna, acesta este modelul după care va funcţiona pe viitor Curtea de Conturi a României.