Instrumentele de garantare şi de finanţare/cofinanţare ale FNGCIMM SA-IFN, special adaptate pentru absorbţia Fondurilor Structurale care se adresează IMM-urilor, sunt completate şi de încheierea unor protocoale cu Organismele Intermediare implicate. În acest context, în scopul sprijinirii absorbţiei rapide a fondurilor nerambursabile destinate comunicaţiilor şi tehnologiei informaţiei, Fondul Naţional de Garantare a Creditelor pentru Întreprinderile Mici şi Mijlocii şi Ministerul Comunicaţiilor şi Tehnologiei Informaţiei, în calitatea sa de Organism Intermediar, au semnat un Protocol de Colaborare. Fondurile sunt alocate din FEDR, în cadrul Programului Operaţional Sectorial- Creşterea Competitivităţii Economice, Axa Prioritară 3 - Tehnologia Informaţiei şi Comunicaţiilor - cu un buget de 264 milioane de euro.
FNGCIMM va acorda garanţii şi finanţări întreprinderilor mici şi mijlocii, definite conform Legii nr.346/2004, care îndeplinesc condiţiile de eligibilitate din Ghidul Aplicantului şi cele din normele proprii de garantare/finanţare. Pentru aplicanţii care solicită finanţarea Fondului în completarea surselor proprii şi care îndeplinesc condiţiile de finanţare ale FNGCIMM, Fondul va emite o "Scrisoare de Confort" în baza căreia aplicaţii selectaţi vor semna cu MCTI Acordul de finanţare.
În baza Acordului de finanţare semnat între MCTI şi beneficiarul finanţării, FNGCIMM va încheia contractul de finanţare. Pentru aplicanţii care solicită garanţia FNGCIMM pentru cofinanţarea proiectelor din credite bancare şi care îndeplinesc condiţiile de garantare ale Fondului, în baza solicitării de garantare transmisă de banca finanţatoare, Fondul va putea emite un document intitulat "Promisiune de garantare" care va sta la baza emiterii "Scrisorii de Confort" de către bancă. Contractul de garantare între banca finanţatoare şi FNGCIMM se va semna după încheierea Acordului de finanţare între MCTI şi beneficiarul finanţării.